צמחי מרפא הם צמחים שונים שנמצאו כבעלי ערך מרפא או מועיל למניעה או לריפוי של בעיות שונות. בהקשר של גן הילדים ניתן לחשוב למשל על צמחים מחזקים, מרגיעים, משפרים את הריכוז או מרחיקים כינים.

לדברי רוני זהבי גוטמן מהרשת הירוקה, צמחי המרפא והתבלין נוגעים בשלושה עקרונות חשובים בחינוך לקיימות בגן:
1. פליאה ואהבת הטבע: העיסוק בצמחים מאפשר מגע יומיומי עם הטבע ומאפשר לילדים לקבל בדרך חווייתית תמונה של המתרחש בטבע – עונות השנה, תהליך הנביטה ועד הקמילה ויחסי גומלין בין צמחים ובעלי חיים.
2. חוויה רב חושית: צמחי המרפא והתבלין משחררים ריחות וטעמים במגע איתם.
3. תהליכיות: יש חשיבות לחוות תהליך משלב הצמח ועד לתוצאה הסופית שיכולה להיות תה או תבלין בסלט, תרסיס מרענן לחדר או סבון טבעי. הילדים לומדים שאפשר להכין דברים במו ידינו ומאיפה הם מגיעים.